Sebelum Perang Uhud pada 625, Ibn Ubai telah mendapat pelan strategi Nabi Muhammad untuk mempertahankan kubu kuat di dalam Madinah itu sendiri. Sesetengah pemuda Islam bagaimanapun, berhujah bahawa Mekah perlu berjuang di luar kota.

Menurut al-Waqidi , Ibnu Ubai telah berarak dengan 300 lelaki pengikutnya dan sekutunya baki Yahudi, tetapi Muhammad memerintahkan beliau untuk menghantar orang-orang Yahudi kembali ke kota Madinah dan memanggil mereka "orang-orang musyrik". Ibnu Ubai mengetuai orang-orangnya kembali ke Madinah. Sejarawan tradisional Islam menyatakan, Ibnu Ubai menyatakan kemarahan mengenai nasihat beliau ditolak dan mengisytiharkan: "Kami tidak tahu mengapa kita perlu membunuh diri kita sendiri ". Ibnu Ubai juga dianggap melindungi kota Madinah atau harta sendiri. Menurut Watt, Surah 3:166 menafsirkan perintah mengusir Ibnu Ubai sebagai menunjukkan "seorang yang penakut dan tidak percaya kepada Tuhan dan Nabi "

Seramai 700 pengikut Muhammad bertempur dengan 3000 Quraisy dalam Perang Uhud dan telah dikalahkan. Namun Quraisy tidak berjaya membunuh Muhammad dan tidak sampai menjejaskan kota Madinah, mungkin kerana mereka tahu bahawa ia dijaga oleh Ibnu Ubai.